Segundo diz a notícia, é porque o Chrome esteja a bloquear o Java.

Pergunto-me se o problema é estar a bloquear versões demasiado antigas do Java que eventualmente o Applet exija... :)

Java na web é contra o RNID.

Parece-me incontornável, tecnologias irremediavelmente obsoletas têm de ser substituídas, nada de novo aqui, mesma coisa com o flash da adobe. Neste caso a solução é simples e nem implica reescrever as aplicações, apenas a sua invocação, isto é, deixar de usar contexto applet (NPAPI) e passar a usar web start.